Diversas autoridades, incluso internacionales, también han elogiado la labor humanista de Samuel Joaquín Flores, por distinguirse como promotor incansable de obras sociales realizadas en beneficio de la comunidad. Su contribución ha impulsado de manera significativa el desarrollo de varias colonias de Guadalajara y de diversas partes de México.

Su trabajo de coordinación, dirección e impulso por obras de asistencia social, centros educativos y hospitales, ha permitido que el trabajo del hermano Samuel sea reconocido por muchas personas. Así mismo, la creación de centros recreativos, deportivos y de esparcimiento, dotados de canchas de básquetbol, voleibol y fútbol, son obras que están visibles en el Gimnasio “México 68” y en la “Viña de Jezreel”, y cuya fundación se debe al hermano Samuel Joaquín Flores.

Auspició la formación de la asociación civil “Elisa, A.C ” para canalizar los recursos destinados a obras de caridad y beneficencia pública. De igual manera instituyó la Fundación Maestro Samuel Joaquín Flores , dedicada a proporcionar becas a estudiantes sobresalientes y de escasos recursos.

Así mismo, ha promovido la formación de ejemplares comunidades Hermosa Provincia en otras ciudades del país y del extranjero, modelo que algunos países han seguido, conformando comunidades similares, donde los cristianos luchan por superarse día a día, consiguiendo incluso elevar su nivel de vida económico y académico.

En otras colonias de Guadalajara ha erigido las siguientes obras de carácter eminentemente social y muestra de su gran altruismo:

" Un edificio albergue en la col. Bethel.

" Un asilo en la Col. Mtro. Aarón Joaquín, en donde se presta atención integral a anci anos, niños y necesitados.